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    GPMAW 簡介

    GPMAW-Windows的常規(guī)蛋白質(zhì)/ Windows質(zhì)量分析

     

    顧名思義，GPMAW是用于分析蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的程序，尤其是使用質(zhì)譜分析的程序。

    GPMAW程序主要用作蛋白質(zhì)和肽段質(zhì)譜分析的工具。 但是，還包括許多其他生物信息學(xué)工具，因此該程序的使用遠遠超出了簡單的質(zhì)量分析范圍。

     

    該程序可在Windows 2000以后的所有32位版本的Windows上運行（即2000，XP，Vista，Win7）。 它也可以在當(dāng)前的64位版本上運行，但尚未在此平臺上經(jīng)過全面測試。 它也可以在帶有Windows模擬器的Mac系統(tǒng)上運行，但是不能保證完全兼容。

    除ms / ms搜索外，該程序不需要強大的處理器或快速硬盤，就可以在任何系統(tǒng)上運行。 運行ms / ms搜索，您需要一個具有SVGA +分辨率的屏幕，您甚至可以在上網(wǎng)本上運行它。

     

    主要內(nèi)容

    GPMAW程序圍繞幾個主要主題構(gòu)建：

     

    蛋白質(zhì)序列管理：從多種來源讀取和導(dǎo)入蛋白質(zhì)序列。修改序列（交聯(lián)，化學(xué)修飾等）并將序列保存到本地文件中以方便檢索？梢砸愿鞣N方式查看和著色序列以方便導(dǎo)航。

     

    蛋白質(zhì)裂解：通過以下方式將蛋白質(zhì)裂解成特定的肽

    酶或化學(xué)手段。從得到的肽列表中可以計算出大量參數(shù)，并且可以以各種方式查看，分類和顯示該列表。

     

    質(zhì)量搜索：給定一個肽的質(zhì)量，可以在給定的蛋白質(zhì)中找到它。該問題可以擴展為搜索修飾，離子類型等。

    數(shù)據(jù)庫質(zhì)量搜索：給定一系列源自單個或幾種蛋白質(zhì)的肽質(zhì)量的清單，它源自什么蛋白質(zhì)？在搜索和分析結(jié)果時都可以指定大量選項。您也可以在數(shù)據(jù)庫中搜索給定質(zhì)量的蛋白質(zhì)。

     

    毫秒搜索：使用外部搜索引擎（XTandem。梢运阉魇褂.mgf或.pkl格式的ms / ms片段列表的序列或數(shù)據(jù)庫。

     

    多種功能：許多對蛋白質(zhì)分析有幫助的功能，但與以上人群沒有直接關(guān)系。這包括諸如組成搜索，電荷與pH值圖，點圖分析，BLAST搜索，ClustalW多序列比對等功能。