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  •  Geneious是一款綜合性的生物信息學(xué)軟件，用于分析和處理生物信息學(xué)數(shù)據(jù)，支持序列對比和系統(tǒng)學(xué)分析、毗連群、引物設(shè)計和克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL,、BLAST、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)查看、自動化醫(yī)學(xué)搜索等功能，提供AP結(jié)構(gòu)，您可以創(chuàng)建您的個人生物信息學(xué)插件。

    Geneious主要功能

    1、NGS分析和基因組學(xué)
    使用行業(yè)的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數(shù)據(jù)的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達式分析。

    2、序列圖和色譜分析
    修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列；蝾A(yù)測、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動標(biāo)注。基因型微衛(wèi)星跟蹤自動梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。

    3、對齊和樹構(gòu)建
    使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對DNA或蛋白質(zhì)進行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹，并為公開準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。

    4、分子克隆
    查看質(zhì)粒圖，自動注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計引物，找到CRISPR站點并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。

    5、搜索、共享和自動化
    針對NCBI進行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動化的工作流程，以提高效率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯誤。

    6、SnapGene文件導(dǎo)出
    將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。

    7、CRISPR-CPF1特異性評分
    自信地選擇CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點使用新的特異性評分，這是根據(jù)對您選擇的數(shù)據(jù)庫的非目標(biāo)分析計算出來的。

    8、智能NGS導(dǎo)入
    只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。

    9、CRISPR Cpf1選項
    添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點，并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。

    10、RNA-Seq表達分析的火山圖
    在交互式火山圖中可視化基因表達，可以用來突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達基因。

    11、限制性位點無表型突變分析
    自動識別在不影響蛋白質(zhì)的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。

    12、漂亮的PCA圖
    具有更好的標(biāo)簽和新的可視化選項，創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。

    13、創(chuàng)建酶制劑
    不再從其他來源獲取信息，F(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。

    14、更好的FASTQ導(dǎo)入功能
    在導(dǎo)入過程中，成對讀取可以相互關(guān)聯(lián)，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設(shè)置讀取技術(shù)。

    15、為細(xì)菌基因組比對更新Mauve插件
    現(xiàn)在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進行基因組整理成為可能。

    16、更好的BLAST服務(wù)器管理
    一次設(shè)置多個BLAST服務(wù)器鏡像，每次搜索時。不用每次切換鏡像。

    17、NCBI BLAST云支持
    有了NCBI BLAST云之后，設(shè)置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。

    18、按索引連接
    連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。

    19、序列列表的CSV/TSV導(dǎo)出
    將序列表中的所有序列連同它們的元數(shù)據(jù)一起導(dǎo)出到CSV或TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進行進一步分析。